Yayasan Rumah Sakit Islam Indonesia (YARSI) lahir pada tarikh 11 April 1967 di Jakarta. Ketua pengasas YARSI ialah Prof. Asri Rasad, Dr., M.Sc., Ph.D. YARSI melahirkan jasa pendidikan sebagai Perguruan Tinggi Perubatan YARSI Jakarta pada tarikh 15 April 1967 yang kemudian berubah menjadi Sekolah Tinggi Perubatan YARSI Jakarta. YARSI memulakan khidmatnya sejak ianya didirikan dan ia menjadi salah satu pendidikan Perubatan Islam yang terpenting di Jakarta pada masa itu.

Pada mulanya ia ditubuhkan, YARSI belum mempunyai tanah dan bangunan sendiri. YARSI masih bergantung kepada Fakulti Perubatan Universitas Indonesia Jakarta untuk kerjasama dalam bidang pendidikan dan pengajaran Sekolah Tinggi Perubatan YARSI Jakarta. YARSI pada masa itu menggunakan seluruh prasarana Fakulti Perubatan UI seperti bilik belajar, makmal, peranti pembelajaran doktor, dan perpustakaan.

Tahun 1968 merupakan tahun pembinaan bangunan YARSI di atas tanah yang dibeli sendiri oleh YARSI di Jalan Letjen Suprapto, Cempaka Putih, Jakarta Pusat. Peletakan batu pertama pembangunan gedung YARSI dilakukan oleh almarhumah ibu Hj. Tien Soeharto.

Pada tahun 1989 Yayasan YARSI mengubah status Sekolah Tinggi Perubatan YARSI Jakarta menjadi Universitas YARSI Jakarta (kini bernama Universitas YARSI) dengan mendirikan tiga fakulti iaitu Fakulti Ekonomi, Fakulti Hukum, dan Fakulti Teknologi Industri (kini bernama Fakulti Teknologi Maklumat). Dengan berdirinya tiga fakulti tersebut, Universitas YARSI telah mempunyai empat fakulti. Semua program studi di Universitas YARSI telah diakreditasikan oleh BAN-PT.

Lagi Universitas YARSI mendirikan satu fakulti baru pada tahun 2007 iaitu Fakulti Psikologi.